您询问的“公司加班工资未按标准发放合法吗”，以下特殊情况可能影响问题的处理结果：
1. 特殊工时制度的例外：若公司经劳动行政部门审批实行不定时工作制（如高管、外勤人员），此类岗位通常不适用日常延长工作时间及休息日加班工资的规定，但法定休假日加班仍需支付3倍工资；若公司未审批却擅自实行，仍需按标准支付加班费；
2. 双方合法约定的例外：若用人单位与劳动者在劳动合同中约定的加班工资标准不低于法定标准（如约定休息日加班付250%工资），则该约定有效；但若约定低于法定标准（如约定日常加班付120%工资），则约定无效，公司仍需按法定标准补发差额；
3. 补休替代的例外：休息日安排加班时，公司可选择安排补休或支付2倍工资，若公司已依法安排补休，则无需支付加班工资；但法定休假日加班不得用补休替代，必须支付3倍工资。
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针对“公司加班工资未按标准发放合法吗”这一问题，核心判断需结合法定标准与实际情况。以下为您分情况详细说明：
公司加班工资未按法定标准发放通常不合法，但需结合具体情形判断。
1. 若存在公司安排劳动者延长日常工作时间的情况：应支付不低于工资150%的加班工资，未达此标准则违法；
2. 若存在公司休息日安排劳动者工作且未补休的情况：应支付不低于工资200%的加班工资，未补休也未按此标准支付则违法；
3. 若存在公司法定休假日安排劳动者工作的情况：应支付不低于工资300%的加班工资，无论是否补休，未达标准均违法；
4. 若加班是劳动者自愿且未经公司安排：公司无需支付加班工资，此种情况不涉及违法。
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针对“公司加班工资未按标准发放合法吗”的问题，若公司存在违规行为，您可能面临以下法律风险：
1. 诉讼时效过期风险：例如，您2022年1月发现公司2021年全年加班工资未按标准发放，但直至2023年2月才申请仲裁，此时已超过一年仲裁时效，劳动仲裁委可能驳回您的请求，导致无法追回加班工资差额；
2. 证据链断裂风险：例如，您仅保留了部分月份的工资条，缺失对应考勤记录，公司抗辩“未安排加班”时，您无法证明加班事实，法院或仲裁委可能不支持您的加班工资主张。
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您询问的“公司加班工资未按标准发放合法吗”，在处理此类问题时需避免以下错误操作：
1. 忽视证据收集直接维权：部分劳动者未留存考勤、工资条等关键证据，直接投诉或仲裁，导致无法证明加班事实及未足额发放情况，维权请求被驳回；
2. 超过仲裁时效主张权益：劳动争议仲裁时效为一年，若劳动者明知加班工资未足额发放却超过一年未维权，将丧失胜诉权；
3. 自愿加班后强行索要加班费：若加班是劳动者自行延长工作时间且未经公司安排，公司无支付义务，强行索要可能引发不必要纠纷。
若您不确定自身操作是否正确，或已出现上述错误，建议及时咨询律师调整维权策略。

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